Για να αποκτήσει πρόσβαση στο σύστημα, κάθε εκδότης πρέπει να περάσει μια απλή διαδικασία πιστοποίησης.

1.   O εξουσιοδοτημένoς χρήστης, εισέρχεται στην ιστοσελίδα εγγραφής
2.    Στην καρτέλα «Εκδότες» ο χρήστης καλείται να επιλέξει «Εκδοτικός Οίκος», εάν πρόκειται για νομικό πρόσωπο ή «Αυτοεκδότης» εάν υπάγεται στην κατηγορία αυτή
3.    Κατόπιν καλείται να συμπληρώσει τα πεδία:
-     Όνομα χρήστη και κωδικός πρόσβασης, με τα οποία θα μπορεί να εισέρχεται στο Κεντρικό Πληροφοριακό Σύστημα (ΚΠΣ) για να καταχωρίζει συγγράμματα, καθώς και μία διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου για την επιβεβαίωση του λογαριασμού του
-     Επωνυμία και διακριτικό τίτλο του εκδοτικού οίκου ή ονοματεπώνυμο του αυτοεκδότη
-     Α.Φ.Μ. και Δ.Ο.Υ.
-     Αριθμός σταθερού και κινητού τηλεφώνου, φαξ, ταχυδρομική διεύθυνση έδρας εκδοτικού οίκου ή ταχυδρομική διεύθυνση αυτοεκδότη, διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου και ιστοσελίδα
-    Ονοματεπώνυμο, στοιχεία ταυτότητας ή διαβατηρίου και στοιχεία επικοινωνίας (τηλέφωνο και e-mail) του νόμιμου εκπροσώπου της εταιρείας (ή του αυτοεκδότη)
-     Ονοματεπώνυμο, στοιχεία ταυτότητας ή διαβατηρίου και στοιχεία επικοινωνίας (σταθερό και κινητό τηλέφωνο, e-mail) του υπευθύνου για το πρόγραμμα "Εύδοξος" -προαιρετικά και ενός αναπληρωτή αυτού, για τον οποίο δεν απαιτούνται στοιχεία ταυτότητας ή διαβατηρίου.
(Σημειώνεται ότι ο αυτοεκδότης έχει την επιλογή να εκπροσωπείται από τον ίδιο στο πρόγραμμα «Εύδοξος» και ως εκ τούτου να μην επιλέξει έτερο υπεύθυνο για το πρόγραμμα)
-     Αφού ο χρήστης επιλέξει «Αποδέχομαι τους  Όρους και Προϋποθέσεις του προγράμματος «Εύδοξος»» και πατήσει «Δημιουργία Λογαριασμού», το σύστημα θα αποστείλει στην ηλεκτρονική διεύθυνση λογαριασμού ένα e-mail με οδηγίες ενεργοποίησης του λογαριασμού.
-     Μόλις ο χρήστης ολοκληρώσει την ενεργοποίηση θα μπορεί δίνοντας το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης που επέλεξε να εισέλθει στο λογαριασμό του
-     Κατά την πρώτη του είσοδο, θα του ζητηθεί να εκτυπώσει μία βεβαίωση συμμετοχής, την οποία θα πρέπει να στείλει υπογεγραμμένη από το νόμιμο εκπρόσωπο και σφραγισμένη με τη σφραγίδα του εκδοτικού οίκου (ή υπογεγραμμένη από τον ίδιο και χωρίς σφραγίδα αν πρόκειται για αυτοεκδότη) στον αριθμό fax που θα του υποδεικνύεται στη βεβαίωση συμμετοχής, μαζί με ένα αντίγραφο της αστυνομικής ταυτότητας ή του διαβατηρίου του νόμιμου εκπροσώπου (ή του αυτοεκδότη αντίστοιχα)
4.    Μόλις το σύστημα επεξεργαστεί τη «Βεβαίωση Συμμετοχής» και πιστοποιήσει τα στοιχεία του εκδότη, θα αποστείλει ένα επιβεβαιωτικό e-mail στο νόμιμο εκπρόσωπο (ή στον αυτοεκδότη αντίστοιχα) και στον υπεύθυνο για το πρόγραμμα Εύδοξος (και στον αναπληρωτή υπεύθυνο, αν έχει δηλωθεί)
5.    Στο εξής ο συγκεκριμένος εκδότης θα είναι πιστοποιημένος για πρόσβαση στο σύστημα με το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης που δηλώθηκαν

Η συμμετοχή κάθε εκδότη επιβεβαιώνεται μέσω της εφαρμογής εκδοτών του Ευδόξου σε ετήσια βάση και με ευθύνη του εκδότη.

Το διάγραμμα ροής εργασιών (workflow) των παραπάνω διαδικασιών για τον εκδοτικό οίκο - νομικό πρόσωπο φαίνεται εδώ και για τον αυτοεκδότη - φυσικό πρόσωπο εδώ.