Πριν αποκτήσει πρόσβαση στο σύστημα, η Γραμματεία κάθε τμήματος πρέπει να περάσει μια απλή διαδικασία πιστοποίησης.
1.   O εξουσιοδοτημένoς υπάλληλος (χρήστης) της Γραμματείας, εισέρχεται στην ιστοσελίδα εγγραφής
2.    Ο χρήστης καλείται να επιλέξει  την καρτέλα «Γραμματεία»
3.    Κατόπιν καλείται να συμπληρώσει τα πεδία:
-     Όνομα χρήστη και Κωδικός πρόσβασης, με τα οποία θα μπορεί να εισέρχεται στο Κεντρικό Πληροφοριακό Σύστημα (ΚΠΣ) για να καταχωρίζει  τις επιλογές Συγγράμματων των Διδασκόντων, καθώς και μία διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου για την επιβεβαίωση του λογαριασμού του
-     Ίδρυμα/Σχολή/Τμήμα
-     Επιλογή Πρόεδρος ή Προϊστάμενος ανάλογα με το ποιος θα υπογράψει τη Βεβαίωση Συμμετοχής και θα ορίσει Υπεύθυνο για το πρόγραμμα «Εύδοξος»
-     Ονοματεπώνυμο Προέδρου ή Προϊσταμένου
-     Αριθμός σταθερού τηλέφωνου και διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου Γραμματείας
-    Ταχυδρομική διεύθυνση Γραμματείας Σχολής/Τμήματος
-     Ονοματεπώνυμο και στοιχεία επικοινωνίας (σταθερό και κινητό τηλέφωνο, e-mail) του υπευθύνου για το πρόγραμμα Εύδοξος - προαιρετικά και ενός αναπληρωτή αυτού.
-     Αφού ο χρήστης πατήσει «Δημιουργία Λογαριασμού», το σύστημα θα αποστείλει στην ηλεκτρονική διεύθυνση λογαριασμού ένα e-mail με οδηγίες ενεργοποίησης
-     Μόλις ο χρήστης ολοκληρώσει την ενεργοποίηση θα μπορεί δίνοντας το Όνομα χρήστη και τον Κωδικό πρόσβασης που επέλεξε να εισέλθει στο λογαριασμό του στην ιστοσελίδα εγγραφής
-     Κατά την πρώτη του είσοδο και μέχρι να πιστοποιηθεί θα μπορεί να εκτυπώσει μία Βεβαίωση Συμμετοχής, την οποία θα πρέπει να στείλει υπογεγραμμένη από τον Πρόεδρο του Τμήματος ή τον Προϊστάμενο της Γραμματείας και σφραγισμένη με τη σφραγίδα του Τμήματος ή της Γραμματείας σε έναν αριθμό fax στον αριθμό που θα του υποδεικνύεται στην Βεβαίωση Συμμετοχής
4.    Μόλις ολοκληρωθεί η επεξεργασία της «Βεβαίωσης Συμμετοχής» και πιστοποιηθούν τα στοιχεία της Γραμματείας, θα αποστέλεται ένα e-mail επιβεβαίωσης στο λογαριασμό e-mail της Γραμματείας και στον Υπεύθυνο για το πρόγραμμα Εύδοξος (και στον αναπληρωτή Υπεύθυνο, αν έχει δηλωθεί)
5.    Στο εξής η συγκεκριμένη Γραμματεία θα είναι πιστοποιημένη για πρόσβαση στο σύστημα με το Όνομα χρήστη και τον Κωδικό πρόσβασης που δηλώθηκαν

Το διάγραμμα ροής εργασιών (workflow) των παραπάνω διαδικασιών φαίνεται εδώ.